回复：赣州市军科职业技术学校的毕业证书与普通高中毕业证书的效力是不同的。虽然职业技术学校培养专业技能，为学生就业提供更多方向，但其学历层次和普通高中不同。一般来说，普通高中毕业证书具有更广泛的认可度，适用于更多领域。因此，两者在同等效力上并不等同。