南昌市体育运动学校处理学生违纪行为时，通常先调查核实情况。对于轻度违纪，可能采取批评教育、警告等方式，引导学生认识错误。若违纪较严重，会依据校规校纪进行相应处分，如记过等。同时注重后续教育，帮助学生改正，还会与家长沟通，家校共育，促进学生健康成长与规范自身行为。